„Jó barátaim között sok zsidó van. Fehérvárott zsidó doktorokat tisztelek. Egyike legjobb lelki fiaimnak és barátaimnak egy kikeresztelkedett zsidó. Minden derék zsidót szívből tisztelek és szeretek” – fogalmazott 1918. júliusi főrendiházi beszédében Prohászka Ottokár. Életművében mégis nagyítóval kell keresni a zsidósággal kapcsolatos efféle, nyitottságot sugalló megnyilvánulásokat. Jóval gyakoribbak voltak ugyanis azok a mondatai, amelyekben vallási alapon, egyöntetűen ítélte el az izraelita felekezetűeket. Még az élete végén született, Zsidó testvéreimhez címzett írásában is azt szegezte a megszólítottaknak: vallásuk „vajjon nem-e inkább test és vér és faj, mint igazság, jóság és lélek?”. Éppen ezért korábban is többször kifejtette – így például egy 1918-as vitacikkben –, hogy ő és hívei rá akarják „segíteni a jóakaratú s nemzeti érzésű zsidóságot a nemzeti, keresztény társadalommal való összeforrásra”, ami az „érzületben s vallásban való egyesülést”, vagyis a kikeresztelkedést jelentette.

Leggyakoribb megnyilatkozásaiban azonban a püspök még ezt a morális egérutat sem kínálta fel a zsidóságnak, csupán mint egy ellenséges nép (faj) masszájáról beszélt róluk. Már egy 1893-as cikkében azt fejtegette például, hogy a zsidóságot a keresztény államoknak nem befogadniuk kell, hanem „ahogy lehet, túl kell adniok rajta”, hiszen az „fekély”, mely „csontvázzá rágta a magyar népet”, és „lelkiismerete nem lévén, megfojtja szívtelenül áldozatait, melyeket behálóznia sikerült”, „mindig uralkodni akar a többi nemzeten”, 1918-ban pedig már úgy vélte, közülük sokan „degeneráltak”. Sőt egy következő évi naplóbejegyzése szerint esetükben „egy rafinált, romlott, hitetlen és erkölcstelen faj garázdálkodásáról van szó, poloska-invázióról, patkány-hadjáratról”. Ezért ők – miként a külföldnek szánt 1920-as brosúrájában írja – „nem egy vallásos szekta, hanem pontosan meghatározott faj vagy nemzet, amely szemben áll a honos fajjal”. Nem véletlen, hogy 1937-ben Bosnyák Zoltán – a későbbi „zsidókutató” intézet vezetője, a Harc című antiszemita hecclap főszerkesztője – a zsidótörvények meghozatalát sürgető cikkében több ízben is Prohászka püspököt („akinek emlékét nem idézhetjük elégszer emlékezetünkbe”) citálva támasztotta alá álláspontját. A szélsőjobboldali, antiszemita mozgalmak pedig – azontúl, hogy hivatkozási alapként használták – a hungarizmus kifejezést a főpaptól kölcsönözték.

A rendszerváltást követően többször is fellángolt a vita a világháború után sokáig agyonhallgatott és indexen lévő katolikus főpap antiszemitizmusáról. „Prohászka minden tisztelője szeretné, ha a püspök számos durva, goromba, igazságtalan és általánosító zsidó-kifakadása, át nem gondolt és a következő oldalakon már saját maga által is megcáfolt megbélyegzése nem létezne” – állítja Kis György plébános és teológus 1987-ben megjelent, Megjelölve Krisztus keresztjével és Dávid csillagával című könyvében. A Prohászka-monográfiák, tanulmánykötetek, illetve újrakiadott művei mai kísérőszövegeinek szerzői talán ezért is veszik kivétel nélkül védelmükbe a püspököt, akit nem tartanak antiszemitának, bár némelyikük, mint Szabó Ferenc jezsuita teológus, elismeri, hogy „sokszor általánosított, és engedett a kollektív felelősség elvének”. Szerintük ilyen jellegű – az életmű szempontjából mellékesnek mondott – írásainak megítélését enyhíti, hogy azok a holokauszt előtt születtek, amikor zsidó eredetű baloldaliak is (itt gyakran Jászi Oszkárra hivatkoznak) megengedték maguknak a zsidózást. Prohászkát – vélekednek – megkülönbözteti a náciktól, hogy zsidón nem fajt, hanem vallást és morált értett, álláspontja pedig szelídült élete folyamán.

Egészen másképp vélekednek a zsidóság és az antiszemitizmus hazai történetével foglalkozók a püspökről. Nyerges András író, újságíró ironikus megállapítása szerint például „náci fajelmélet” dolgában „méltánytalanság” Prohászkát tekinteni „azonosulónak”, hisz ő előzte meg Hitleréket. Ezt erősíti, hogy a Hitler és Szálasi műveit is megjelentető Gede Testvérek Kiadó 2003-ban Az én antiszemitizmusom címmel a püspök írásaiból közölt válogatásához kapcsolta az említett Bosnyák Zoltán egy 1938-as Prohászka-hozsannáját.

Egy némileg megengedőbb álláspont szintén antiszemitaként ítéli el Prohászkát, de úgy véli – mint Ungváry Krisztián történész egy 2006-os cikkében –, hogy a püspöknek igazából nem a zsidókkal volt problémája, hanem a modern kor fejleményeivel. Antiszemitizmusa ugyanis „elsősorban abból a téveszméből táplálkozott, amely szerint modernitás, kapitalizmus és zsidóság összefüggő fogalmak”, és, eltérően a náciktól, „számára a »zsidókérdés« a katolizálással véget ért”. Abban azonban a kritikusok mind egyetértenek, hogy antiszemitizmusa fontos része volt Prohászka életművének, és ma már aligha mentegethető. Ráadásul – Gárdonyi Máté katolikus pap-történész szerint – „hozzájárult a magyar társadalom lelkiismeretének végzetes eltompításához”.